Štýl vlády
Náboženstvo
V mladosti sympatizoval s protestantizmom, pred svojou korunováciou však podpísal prehlásenie, že do smrti zostane príslušníkom rímskokatolíckej cirkvi. Ako panovník presadzoval náboženskú toleranciu, predstaviteľ tzv. kompromisného katolicizmu, nepodporoval rekatolizáciu, avšak ani výrazne neprispel k rozšíreniu práv protestantov.
Reformy
V snahe o zvýšenie ťažby drahých kovov a príjmov kráľovskej pokladnice zaviedol Maximiliánov banský poriadok (1571), ktorým sa usiloval dostať baníctvo v Uhorsku pod svoju kontrolu, a ktorý platil až do prijatia Všeobecného banského zákona (1854).
V roku 1565 vydal Maximiliánov lesný poriadok (Banskobystrický lesný poriadok), prvý známy lesný poriadok z územia Slovenska. Jeho hlavným poslaním bolo zamedziť plytvaniu drevom a zabezpečiť jeho dostatok pre erárne podniky. Týmto poriadkom na Slovensku vzniklo cieľavedomé lesné hospodárstvo.
Vojenské konflikty
Bez výraznejších úspechov, neúspešne sa pokúsil získať poľský kráľovský trón, s Osmanmi udržal status quo (mier 1568).