Štýl vlády
Náboženstvo
Nepokračoval v tolerantnej politike svojho otca Maximiliána I., zavádzal rekatolizačné reformy (bol vychovaný španielskymi jezuitmi). Výsledkom jeho náboženskej politiky bolo Bocskayovo povstanie (1604 – 05), prvé zo série stavovských protihabsburských povstaní.
Reformy
bez výraznejšej aktivity
Vojenské konflikty
3x obnovil mier s Osmanmi (1577, 1584, 1590), napriek tomu vypukla pätnásťročná vojna (1593 – 1606), v ktorej sa mu nepodarilo vydobyť od Osmanov naspäť územia. Nespokojnosť uhorských stavov s jeho neúspechmi a celkovým nezáujmom o dianie v Uhorsku vyústila v jeho abdikáciu, pričom na tróne ho nahradil jeho brat Matej.
Zaujímavosti
V roku 1583 sa presťahoval z Viedne do Prahy, kde zhromažďoval zbierky sôch, obrazov (napr. diela Leonarda da Vinci, Raffaela, L. Cranacha) i kuriozít, patril medzi najväčších zberateľov v Európe. Časť zbierky bola po jeho smrti rozpredaná, časť odviezli na konci 30-ročnej vojny (1648) švédskej vojská. Obklopil sa alchymistami, vedcami (z nich vynikali predovšetkým astronómovia Tycho de Brahe a Johannes Kepler) a umelcami.
Do Prahy presťahoval aj uhorskú kráľovskú korunu, ktorej presun naspäť do Uhorska (na Bratislavský hrad) zabezpečil v roku 1608 jeho brat Matej.